2009-13
CUATRO DIFÍCILES TEMPORADAS DE VUELTA EN SEGUNDA B
En la temporada 2009-2010 comenzó una difícil época con tres intentos frustrados de ascender, con especial relevancia de la eliminatoria contra el Sabadell en la temporada 2010-2011. Las cuatro temporadas en Segunda B fueron muy complicadas, pero la afición no perdió la esperanza de volver a la Segunda A. El equipo se mostraba muy competitivo siempre pero las promociones se sucedían sin conseguir ascender.
En el verano de 2012, el Club decidió apostar por un joven entrenador que en su época como jugador del equipo fue santo y seña del gran conjunto que estuvo a punto de ascender a Primera División en 2005. El gran excapitán Gaizka Garitano, entrenador del filial, fue designado para comandar el área deportiva en el primer equipo.
En su primera temporada, el Eibar vivió una eliminatoria de Copa de leyenda contra el Athletic Club. Tras el empate a cero en Ipurua, el gol de penalti de Arruabarrena en San Mamés sirve para dar la campanada con una eliminación que pasó a la historia del club con letras de oro. El posterior gol de Aduriz en el minuto 88 no impide que el Eibar elimine al club bilbaíno.
Pero esa misma temporada 2012-2013 todavía traería mejores noticias. Tras acabar segundos la liga, después del Alavés, el equipo logra el retorno a Segunda A tras una agónica eliminatoria ante el Alcoyano (incluido un salvador gol de Diego Jiménez en el minuto 90) y otra más sencilla ante el Hospitalet en la que se consumó el ascenso.