1986-88
EL RETORNO A SEGUNDA DIVISIÓN B Y EL ASCENSO A LA A
El Eibar inicia la temporada 1986-1987 lleno de ilusión para intentar el retorno a la categoría de plata, lo cual fue una realidad en la temporada siguiente, la 87-88 que pasará a la historia, entre otras cosas, por un gol obtenido por el portero Garmendia en un saque desde su propia portería hasta la del Pontevedra, que deja maravillada a la afición y le convierte en el portero de moda.
Al partido en el que se consumó el ascenso, disputado de Durango, asistieron miles de aficionados del Eibar. El ascenso se celebró con un espectacular y masivo recibimiento en la Plaza Untzaga.
Con el ascenso a Segunda División A se abre una temporada 1988-1989 cuyo principal reto será intentar mantener el tipo rodeados de equipos muy potentes, firmándose un histórico convenio de colaboración con el Athletic Club que supone el alejamiento amistoso de las históricas relaciones con la Real Sociedad.
Alternando buenas y malas rachas, el Eibar fue asentándose en la categoría, con algunas salvaciones milagrosas y otras temporadas en las que se mantuvo en la zona media de la tabla.
En 1990 se conmemoró el 50º aniversario del club en un partido contra el Ajax de Amsterdam que finalizó con empate a uno, con gol de penalti de Luluaga, en un día que vivió un gran temporal de agua, misma circunstancia que había sucedido el día de San Andrés de 1965, cuando jugaron con ocasión del 25º aniversario el Eibar y el Girondins de Burdeos en un partido que acabó con el resultado de 5-3.
El año 1992 significaría un gran reto con la conversión del club en Sociedad Anónima Deportiva, que entre otros cambios trae el de la nueva denominación de Sociedad Deportiva Eibar S.A.D. En esta conversión fue decisiva la ayuda del Athletic Club con su aportación económica, ya que en las fases iniciales no fue posible reunir los 66 millones de pesetas exigidos (400.000 €).
La temporada 1998-1999 culminó con otra salvación milagrosa. Cuando el descenso parecía seguro, en los últimos nueve partidos se lograrán 21 de los 27 puntos en juego, que permitirían mantener la categoría de manos del "mago" Alfonso Barasoain en el último partido de liga contra el Toledo en Ipurua. El partido terminó con el resultado de 3-0, lo que combinado con la derrota en casa del Mallorca B frente al descendido Hércules, agrandó la leyenda del Eibar del esfuerzo y el tesón.
En la campaña 1999-2000 llegará Blas Ziarreta al banquillo, y con él el fútbol "de hierro" característico del Eibar en esa época, destacando que en la temporada 2000-2001 jugó durante tres meses en el club un joven cedido por la Real Sociedad que haría historia en el fútbol mundial: Xabi Alonso. El año 2002 dejó la presidencia Juan Luis Mardaras tras catorce años en el puesto y le sustituyó Jaime Barriuso.
En la 2003-2004, con la dirección técnica de Amorrortu, el equipo disputó una eliminatoria de Copa que se convierte en un referente, al disputar de tú a tú al Real Madrid dos partidos que ponen al Eibar en el mapa. Empezaba a caer el mito de equipo que practica el antifútbol.
En esta misma temporada, la SD Eibar asumió el equipo femenino existente en la ciudad, que hasta entonces pertenecía al Eibartarrak, fundado en 1991 y que en diversas temporadas había militado en Primera División, con hitos muy importantes como el subcampeonato en la Copa de la Reina en 1999 o ya bajo la denominación de Eibar en la temporada 2009-2010 compitiendo en la Superliga de fútbol femenino.
La liga 2004-2005 será una temporada plena de emociones de la mano de Mendilibar y su equipo lleno de jugadores que acabaría triunfando en primera, con especial mención para un joven de 19 años llamado David Silva, que se proclamaría campeón del Mundo en Sudáfrica junto con el mencionado Xabi Alonso.
En esa temporada, en el último partido de liga en Ipurua contra el Racing de Ferrol, el club estuvo durante 17 minutos en Primera División pero la carambola no se completó y el equipo, capitaneado por Gaizka Garitano, se quedó a las puertas del ascenso a Primera.
Ese extraordinario equipo se desmanteló y en la 2005-2006 llegó el descenso tras dieciocho años en Segunda A, récord en el Estado de permanencia seguida en la categoría de plata que sigue vigente.
La mano de "Manix" Mandiola en el banquillo supondría un éxito total en la temporada 2006-2007, con una eliminatoria final contra el Rayo Vallecano que permite el ascenso en plenos Sanjuanes de 2007. La temporada siguiente se logra mantener la categoría, y sin embargo un año después, en 2009, el equipo vuelve a descender a 2ª B. Para entonces, Jaime Barriuso había dejado la presidencia por razones personales y le había sustituido con una determinación renovada Alex Aranzabal. El club necesitaba replantearse sus objetivos dado que la situación económica era muy complicada.