La Sociedad Deportiva Eibar se fundó en 1940, de la fusión del Deportivo Gallo y la Unión Deportiva Eibarresa. En un primer momento se denominó Eibar Fútbol Club, y después se consolidaría como Sociedad Deportiva Eibar. La primera junta directiva estuvo presidida por Juan Artamendi. La S.D.Eibar comenzó jugando de manera esporádica, lo que hacía difícil su continuidad. En 1941 llegó a jugar la semifinal del Campeonato de Aficionados frente al Alavés.

Esta falta de continuidad y otras razones hicieron que en la temporada 1942-43, la S.D.Eibar quedará marginada de las competiciones oficiales.En estos años, el fútbol atravesaba una crisis en todos sus estructuras que afectó a la entidad armera. En la temporada 1943-44 hubo reordenamiento y fue entonces cuando la S.D.Eibar estrenó equipaje, donado por la Federación Guipuzcoana de Fútbol consistente en camiseta azulgrana y el pantalón azul, indumentaria oficial hasta nuestros dÌas. En la temporada 1949-50 se crea la Primera Regional Preferente, partiendo el Eibar como favorito y máximo aspirante al ascenso a Tercera División, objetivo que se logró.

En la década de los 50, el equipo armero vivió acontecimientos deportivos importantes. En la temporada 52-53 consiguió el ascenso a la Segunda División tras las intentones consecutivas en las campañas 50-51 y 51-52.

Permaneció en la división de plata hasta la temporada 57-58. A partir de 1958 se abrió el largo capítulo del Eibar en Tercera como eterno aspirante al ascenso. Hasta 14 promociones llegó a jugar antes de que en 1986 lograra subir a Segunda B. Durante estos años se convirtió en el eterno aspirante al ascenso: promociones y desengaños.