Eibar Kirol Elkartea 1940. urtean sortu zen, Deportivo Gallo eta Unión Deportiva Eibarresa elkartu zirenean. Hasiera batean Eibar Futbol Kluba izena hartu zuen, eta gero, Eibar Kirol Elkarte izatera pasatu zen. Lehen zuzendaritza-batzordea Juan Artamendik gidatu zuen. Eibar KE noizbehinkako partiduak jokatzen hasi zen, eta horrek zaildu egiten zuen taldeak aurrera egitea. 1941. urtean Zaletuen Txapelketako finalerdia jokatu zuen Alavesen kontra.
Jarraikortasun faltak eta beste hainbat arrazoik bultzatuta 1942-43 denboraldian Eibar KE txapelketa ofizialetatik kanpo gelditu zen. Urte horietan, futbolak krisi egoera bizi zuen egitura guztietan eta krisi horrek eragina izan zuen Eibarko taldean ere. 1943-44 denboraldian berrantolamendua egon zen eta orduan estreinatu zuen Eibar KEak material berria, Gipuzkoako Futbol Federazioak emanda: kamiseta gorri-urdina eta praka urdina, gaur egun arte iraun duen janzkera ofiziala. 1949-50 denboraldian Lehen Erregional Preferentea sortu zen, eta Eibar zen faborito nagusia Hirugarren Mailara igotzeko, eta baita helburua lortu ere.
Eibar taldea 1951-52 denboraldian
50. hamarkadan talde eibartarrak une garrantzitsuak bizi izan zituen. 52-53 denboraldian Bigarren Mailara igo zen, 50-51 eta 51-52 denboraldietan helburu hori lortzen gogor saiatu ondoren.
57-58 denboraldira arte egon zen zilarrezko mailan. 1958. urtetik aurrera Hirugarren Mailatik igo ezinik egon zen denbora luzean Eibar taldea. 14 promozio jokatu zituen, 1986an Bigarren B mailara igo zen arte. Urte horietan igotzeko ahaleginean jardun zuen Eibarko taldeak behin eta berriro: promozioak eta desengainuak.